废水中还有的大量的污染物使得此类废水没有办法容易就可以回收。所以需要利用药剂来对废水进行化学的中和，如果污泥的产量能够达到尽可能的小之后，就说明使用的化学药剂达到了有效利用。脱氮除磷整体解决方法使用化学除磷的基本原理是将溶解性的磷转化为化学沉淀物，在污泥沉淀过程中去除。用于废水中化学沉淀除磷的化学物质有铁盐、铝盐和钙盐，其中铁盐较为常用。

化学除磷药剂的投加量需结合整个处理系统进行考虑。应充分利用生物除磷作用对磷的吸收，使化学药剂得到有效利用，并使污泥的产量极小化。根据出水中的磷浓度的不同目标，化学药剂可以在不同的投加点投加。若在初沉池中进行化学除磷，还需要考虑下游微生物对磷的需求、若投加药剂去除了过量的磷，则生物系统将面临营养物质缺乏的问题。

铁或亚铁化合物可以在初沉池前投加，并在初沉池中沉淀。铁盐的除磷效果取决于反应时间的长短。完全反应需要5~10min，因此需要铁盐与污水的混合反应区以形成难溶沉淀物。若没有条件设置混合反应区，则需将药剂投加在更上游的区域，以确保足够的停留时间。铁盐也可以在二沉池前投加，铁盐沉淀物在沉淀池上游形成，并在沉淀池中从系统中分离。亚铁盐在曝气池前投加，因为亚铁离子氧化成铁离子需要消耗额外的氧气;过量投加会增加出水中的离子浓度，因此亚铁离子不能在二沉池中投加。过量或未反应的亚铁离子一旦被带入消毒系统，将消耗氯气，同时形成沉淀(提高出水总悬浮固体TSS浓度)。

此外，若采用紫外线消毒系统，铁会干扰紫外线的吸收，在灯管上形成淤积，加快灯管的清洗频率。建议每个污水处理厂进行小试，以确定达到出水溶解性磷目标值所需的实际摩尔投加量。通常磷沉淀所需的铁盐摩尔投加量基于出水期望的溶解性磷浓度而非进水磷浓度。若初沉池将磷的浓度降低到1mg/L，需要投加的铁盐Fe3+P的摩尔比为1.671或质量比31;在二级处理系统中去除0.5mg/L溶解性磷需要投加的铁盐Fe3+P的摩尔比2.271或质量比4.11。

使用化学除磷的处理废水能够更好的达到更净化废水中磷化物的情况。铁盐或亚铁盐呈酸性，因此需考虑存储和操作的问题。可用玻璃纤维增强塑料(FRP)或聚乙烯存储池来存储氯化铁、氯化亚铁、硫酸铁或硫酸亚铁。计量泵可采用蠕动泵、螺杆泵或隔膜泵。应尽量在接近投加点附近添加，以减少电镀作用的影响。泵体需采用聚氯乙烯(PVC)材料。管道、阀门及配件需采用PVC或过氯乙烯(CPVC)材料。在工作或处理任何铁盐溶液时，操作人员需穿戴手套和护面罩等个人防护装备。